本专项中央预算内投资应用于计划新开工或续建项目，原则上不得用于已完工项目。

本专项资金安排方式以直接投资为主，对确需支持的经营性项目，主要采取资本金注入方式，也可以适当采取投资补助等方式。

重点支持领域。包括蓄滞洪区建设工程、病险水库除险加固、大中型病险水闸除险加固等。对东、中、西、东北地区，分别按照项目投资的60%、70%、80%、80%予以支持。小型病险水库除险加固工程，按照小(1)型500万元、小(2)型200万元的总投资基数，分省份打捆下达中央预算内投资，由地方统筹安排使用。

防洪排涝工程。包括江河防洪治理、重点区域排涝能力建设、海堤工程、水文基础设施等。对东、中、西、东北地区，分别按照项目投资的50%、60%、70%、70%予以支持。江河防洪治理工程支持大江大河大湖干流，以及流域面积3000平方公里以上的重点中小河流（包含防洪关系紧密但流域面积不足3000平方公里的附属支流部分河段和回水段）。

水生态治理工程。包括水土保持、重点水生态治理工程等。对东、中、西、东北地区，分别按照项目投资的40%、50%、70%、70%予以支持。建设内容不含水污染治理、水景观建设等。